Tato zkřížená reakce je dána podobnou strukturou epitopů (vazebných míst pro protilátky) na alergenech různých potravin. Zkřížené reakce vznikají mezi potravinami botanicky a zoologicky příbuznými, ale i mezi inhalačními a potravinovými alergeny. Typickým projevem je výskyt potravinové alergie u jedinců s pylovou alergií. Příkladem je zkřížená reakce mezi pylem břízy a lískovými ořechy, jablkem, mrkví a celerem. Jiným příkladem zkřížené reakce je reakce na latex a různé druhy ovoce a zeleniny (avokádo, banán, brambor atd.). Zkřížená reaktivita se může projevovat klinicky, nebo je klinicky němá a projevuje se pouze pozitivitou v diagnostických testech (kožní testy, laboratorní metody stanovení specifického IgE).