Podle charakteru mikroorganismu vyvolávajícího onemocnění a podle mechanismu jeho účinku se alimentární onemocnění dělí na infekce a otravy (toxoinfekce a intoxikace). Alimentární infekce jsou vyvolány mikroorganismy, které se potravinou nebo vodou dostávají do trávicího traktu člověka, kde se pomnoží a vyvolají onemocnění. Toxoinfekce jsou onemocnění vyvolaná uvolněnými endotoxiny z bakterií, působícími na střevní sliznici. Intoxikace (enterotoxikózy) jsou onemocnění vyvolaná potravinami, ve kterých se pomnožily bakterie a vlivem jejich metabolické aktivity se nahromadily toxické metabolity (exotoxiny).